宋教仁在沪市发表了各种演讲，引起了广泛的关注，随后宋教仁开始决定北上正式接任内阁总理了，此时得意洋洋的他根本没有想到，沪市火车站中藏有一个刺客。当宋教仁在火车站内向送行的众多民党党员和群众记者挥舞告别之际，刺客应桂馨拔出手枪击中了宋教仁，子弹从他的后背射入体内，射中其右肋，斜入腹部，凶手开枪后逃逸。
宋教仁疼痛难忍，趴倒在一张椅子上，用手把于右任的头拉到胸口，喘息地说：“吾痛甚，殆将不起……”，当时在火车站送行的黄兴、于右任、廖仲恺等将宋教仁送往沪宁铁路医院急救。
在医院中宋教仁向于右任留下遗嘱：今以三事奉告：一、所有在南京、北京及东京寄存之书籍，悉捐入南京图书馆；二、我本寒家，老母尚在，如我死后，请克强与公及诸故人为我照料；三、诸公皆当勉力进行，勿以我为念，而放弃责任心。我为调和南北事费尽心力，造谣者及一班人民不知原委，每多误解，我受痛苦也是应当，死亦何悔？
他并授意黄兴代拟电报给袁世凯，讲述自己的中弹经过和革命生涯，最后希望袁世凯能够竭力保障民权，自己则虽死犹生。
从宋教仁给袁世凯发的电报可以看出来，弥留之际宋教仁知道自己不是被袁世凯刺杀的，他并没有为自己索要什么，唯独希望袁世凯不要做独裁总统。
沪督陈其美将刺客应桂馨抓获，两天之后应桂馨被杀，随后陈其美突然宣称搜出应桂馨与内务部长赵秉均的秘书洪述祖的书信来，陈其美由此认为，宋教仁是被袁世凯所杀。
江苏都督程德全、江苏民政长应德闳在收到租界会审公堂移交的证据后，把罪犯应桂馨和国务总理兼内务总长赵秉钧、内务部秘书洪述祖之间来往的秘密电报和函件的要点以“通电”的形式向海内外公布，迫使赵秉钧不得不发出公开电报为自己辩解，沪市地方检察厅也公开传讯在位的国务总理赵秉钧。
且不说陈其美所陈证据是真是假，但下一任内阁总理被刺杀一事让袁世凯政府极其被动，众所周知宋教仁反袁，北上正式来代替袁世凯领导国家的，这相当于下一任国家领导人被杀了，任谁都会认为应该是袁世凯下的毒手。此时陈其美抛出所谓的“证据”，即便不是真的，众人也认为是真的了。
而在整个宋教仁遇刺一案中，王永安心存怀疑，尤其是他太了解陈其美了，陈其美控制的上海地方法院能够正确审判才怪。
诚然这个宋教仁自以为懂得政治却不懂得国情，自以为可以将外国的政治体系照搬全抄挪到中国来，却完全忘记了推翻满清并不是国会和那群议员的功劳，而是北洋军队、江北军队和民党军队的功劳，犯了文人最大的毛病——看不起干实事儿的人。当然，如果让宋教仁“任人唯贤”地进行内阁改组，看起来未来的国家一定会非常完美，但却会遇到政令不通甚至会产生内战的危险。
所以王永安认为，宋教仁是一个比孙逸仙还要理想主义的人，他已经理想到YY自己真的可以控制这个国家了，宋教仁要革的不单单是北洋系的命，还有江北系的命。可即便如此，也没有人真的认为宋教仁有本事能够影响政局，别说袁世凯有都是办法收拾宋教仁，便是王永安也有很多阴招等着他。所以不管是北洋系还是江北系，完全没有将宋教仁放在眼中的意思，更不存在刺杀他的动机。
毕竟如果说嘴炮嚣张是杀人的理由，那孙逸仙早就被杀多少次了。
幸亏当初王永安提出派出专案组进行调查，袁世凯立即表示，在专案组得出结论之前，任何人不得毁坏证物、不得伤害刺客、不得隐藏证据，沪督陈其美所言真假应有专案组进行调查。
不过陈其美很快发表通电，表态不认可调查组的态度，由嫌疑人派出调查组调查嫌疑人，怎能找到真的凶手。
双方来往几次嘴仗，搞得袁世凯精疲力尽，当然更让他气愤的是，此时偏偏唐绍仪递出正式辞呈，决定不再担任内阁总理了。
袁世凯大惊失色，连忙找到唐绍仪，握着他的手激动地说：“少川，如今你也要弃我而去不成？”
唐绍仪摇头叹道：“本来就是宋教仁来做内阁总理，我又何苦继续尸位素餐？罢了，我这个内阁总理，不过是做个样子罢了，倒不如回到广东养养老的好。”
袁世凯明知唐绍仪辞职并不是因为宋教仁，而是因为他架空了内阁，却不能这个时候放他离开，一旦唐绍仪走了，这一届政府就更乱了。但是唐绍仪已经厌烦了袁世凯的虚情假意，他做内阁总理的时候，处处受到袁世凯的钳制，仿佛他做的不是内阁总理，而是囚牢中的犯人一般。这等憋气窝火的内阁总理，不做也罢，反倒不如回到广东老家做个县官为地方上做出贡献。
唐绍仪着实是被袁世凯寒了心，无论袁世凯如何奉劝，唐绍仪坚持不为所动，一定要辞职。次日，唐绍仪在国会上正式宣布辞去内阁总理，并宣布解散内阁。内阁解散就意味着内阁十二部部长与次长全部同时失业了，而接下来将要面临着重新组阁的问题，那么由谁来担任新的内阁部长，内阁势力范围将如何划分，则成为了摆在众人面前的一个问题。
原本要离开京师的王永安不得不被重新组个一事耽误下来，并立即召集所有江北系官员商讨内阁十二部的划分问题，大家认为一定要先保住自己的势力范围，然后图谋其他，尤其是可以趁机吞并民党的势力，如将教育部和文体部拿到手中，虽然这样看起来江北所占不过是虚职，但是步步蚕食，未来必定可以反过来控制内阁。
王永安拍板决定，确保工商、交通、司法、卫生四部，全力争取教育、文体两部，江北系再一次倾巢出动了。