在很久很久以前，南海有一条孽龙，它时常在珠江口兴风作浪，淹没田地，颠覆舟船，使得沿岸的居民苦不堪言。
有一天，南海观世音菩萨云游至此，亲眼目睹了孽龙为祸人间，生灵涂炭的惨状。慈悲的观音菩萨大发善心，决定要镇住这条孽龙。
只见她将自己乘坐的莲花掷向水中，那朵莲花瞬间化为一块巨石，以雷霆万钧之势镇住了孽龙。
而这朵莲花所化的巨石，就永远地矗立在了山中，成为了今日莲花山南天门边的莲花石，这座山也因此得名莲花山。
莲花山还有着另外一些有趣的传说。明末清初的时候，在山附近的村落“鹿步司”，村民们很是郁闷，因为邻村的青年才俊参加科举都能考中功名，唯独他们村的人多年来都没有什么收获。
这时，一位有名的风水先生出现了，他给村民们指点道：“鹿步一司能进士，除非石砺见莲花。”
村民们听后更加发愁了，要知道这石砺岗上都是坚硬的石头，别说是长出莲花了，就是草木都难以生长啊！
然而，有一天村民们突然发现，石砺岗各石矿场采石岗下的未采石堆，有的像狮子，有的像灵猴，有的似石台，有的似石塔，形状各异。
其中一位姓钟的乡绅灵机一动，赶忙找来几位正在采石的石工，让他们在现在的“南天门”景点旁的一大块遗下采不了的石块上略加修饰，将其凿成了莲花的形状。由于实在是太像莲花了，人们便把它叫做莲花石，也叫石莲花。
自从石砺岗有了莲花石之后，鹿步司去京城参加考试的人一下子多了起来，每年考中进士举人的更是数不胜数，甚至还出了状元和探花呢！
还有一个传说与八仙有关。话说八仙听闻莲花山有观音菩萨的神迹，也慕名前来拜会观音菩萨。
在上山的途中，他们被一块巨大的石头挡住了去路，无法通过。
这时候，吕洞宾抽出他那无所不能的七尺青锋剑，像切豆腐一样，不一会儿就将眼前的巨石前后切成了一堵巨墙。
铁拐李则用他的铁拐杖轻轻一点，只见拐杖如旋风般飞转，石墙上鼓起大量石粉，铁拐李又祭出葫芦吹出一股劲风，那石墙钻出的石粉便如云般急速向空中飞去。转眼间，这堵石墙就变成了似一堵石造的牌楼。
“这不就是九重天外的南天门吗？”众人惊叹道。
从此，莲花山就有了“南天门”这一景。后来，八仙每年云游四方时，若要聚集都会在这南天门互相等候。
在莲花山还是采石场的时候，南越王曾派驻了千万壮丁来此开采。那时，山上光秃秃的，没有一棵大树，采石工们每日遭受日晒雨淋，非常辛苦，还很容易中暑死亡，阿石的兄弟阿雀就是这样丢了性命。
在一个高温异常的中午，烈日高悬，为了能赶在涨潮之前把石材运走，矿主们逼迫工人们高强度劳作。阿雀体力透支，最终中暑身亡。
阿石悲痛欲绝，哭声震天，这哭声惊动了吕洞宾。吕洞宾闻声赶来，将阿雀的尸体变成了一只彩雀。
彩雀一飞冲天，凄凄地鸣叫着“石！石！石！”，并用嘴在石头上不停地啄，啄得嘴都出血了，终于啄出了一个小洞。
第二天，彩雀衔来一颗金色的种子放在石上的洞缝中，经过春雨的滋润、泥尘的覆盖，第二年石上便长出了一棵飞榕。
之后，这只彩雀继续为这棵树苗衔泥、浇灌，很快飞榕就长成了参天大树，荫蔽着“莲花岩”这个洞口，让露天作业的石工们免受夏日暴晒之苦……
这些传说故事为莲花山增添了许多神秘的色彩和文化底蕴，也吸引着无数游客前来探寻和感受它的独特魅力。