柯南、林羽和灰原哀准备好一切后，再次向废弃工厂进发。然而，他们没有意识到，黑衣组织早已布下了天罗地网。
当他们接近工厂时，周围异常安静，这种安静反而让柯南心生警惕。“大家小心，情况可能不对劲。”
林羽握紧了手中的工具包，点了点头。灰原哀也神情凝重，跟在柯南身后。
他们小心翼翼地走进工厂大门，突然，灯光大亮，无数黑衣组织成员从四面八方涌现出来。
“哈哈，你们果然来了，工藤新一！”一个冷酷的声音传来，只见一个身材高大的男子走了出来，他的眼神中充满了轻蔑。
柯南心中一紧，但表面依然保持镇定。“你们的阴谋不会得逞的！”
“哼，就凭你们几个小孩子？太天真了！”男子冷笑道。
黑衣组织成员逐渐逼近，柯南他们被逼到了一个角落。
“林羽，准备好启动干扰装置！”柯南低声说道。
林羽迅速打开工具包，拿出一个小巧的装置，按下了按钮。瞬间，工厂内的电子设备受到干扰，灯光闪烁，黑衣组织成员的通讯也出现了混乱。
柯南趁机带着大家冲破包围圈，向实验室跑去。
“别让他们跑了！”黑衣组织成员在后面紧追不舍。
在奔跑过程中，灰原哀不小心摔倒了。
“灰原！”柯南转身想去扶起她。
就在这时，一颗子弹擦着柯南的耳边飞过。
“快走，别管我！”灰原哀喊道。
林羽冲过来，拉起灰原哀，继续跟着柯南往前跑。
终于，他们冲进了实验室。
“快，按照计划行事！”柯南说道。
林羽迅速开始连接设备，准备破解病毒程序。
黑衣组织成员也追到了实验室门口，不停地开枪射击。
柯南利用实验室的物品作为掩体，回击着敌人。
“还差一点！”林羽满头大汗地操作着。
就在这时，那个高大男子冲进了实验室。
“停下！否则我开枪了！”男子用枪指着林羽。
柯南眼神一凛，拿起一个瓶子扔向男子。男子开枪，瓶子在空中爆炸，分散了他的注意力。
柯南趁机冲过去，将男子扑倒在地。两人展开了激烈的搏斗。
灰原哀则拿起一旁的灭火器，冲向其他黑衣组织成员，为林羽争取时间。
“好了！病毒程序破解了！”林羽兴奋地喊道。
然而，他们还没来得及高兴，工厂内响起了警报声。
“不好，这里要爆炸了！”柯南喊道。
他们急忙向出口跑去。
在逃跑的过程中，工厂不断有物体掉落，道路也变得越来越艰难。
“大家小心！”柯南提醒着。
突然，一块巨大的铁板砸了下来，挡住了他们的去路。
林羽四处寻找着其他出口。“这边！有一个通道！”
他们钻进通道，拼命地向前跑。
身后传来阵阵爆炸声，火焰迅速蔓延。
“快！快！”柯南催促着。
终于，他们跑出了工厂，倒在地上大口喘气。
“我们成功了……”灰原哀虚弱地说道。
“但这只是暂时的，黑衣组织不会善罢甘休。”柯南望着燃烧的工厂，心中明白，真正的战斗还在后面。
这时，警方赶到了现场。
“柯南，你们没事吧？”目暮警官问道。
柯南摇了摇头。“我们没事，但是黑衣组织的阴谋还没有完全结束。”
警方开始对现场进行调查和处理。
柯南、林羽和灰原哀则回到了住处，准备迎接接下来更严峻的挑战。
毛利兰看到柯南他们平安归来，激动地抱住了柯南。
“柯南，我担心死了。”
柯南安慰道：“小兰姐姐，我没事。”
毛利小五郎在一旁说道：“小鬼，下次别这么冒险了。”
柯南笑了笑，没有说话。他知道，为了守护正义，冒险是不可避免的。
经过这次危机，柯南他们更加坚定了要彻底摧毁黑衣组织的决心。但他们也清楚，未来的路还充满着无数的危险和挑战。