在制造工厂的核心区域，柯南、林羽和灰原哀被黑衣组织成员发现后，一场激烈的战斗瞬间爆发。
柯南迅速掏出足球腰带，用力一踢，足球精准地击中了那名成员的头部，使其暂时失去了行动能力。林羽则趁机冲向控制台，试图寻找关闭新型武器制造设备的方法。
灰原哀则从背包中取出一些自制的小型炸弹，向涌来的敌人投掷过去，制造混乱，为柯南和林羽争取时间。
“快点，林羽！”柯南一边躲避着敌人的攻击，一边大声喊道。
林羽满头大汗，眼睛紧盯着复杂的控制台界面，手指在键盘上飞速敲击。“就快找到了！”
就在这时，一名黑衣组织的高手悄悄绕到了林羽身后，举起手中的棍棒正要袭击他。
“林羽，小心身后！”柯南眼尖地发现了这一情况，迅速扔出一枚闪光弹，暂时让敌人失明。
林羽趁机转身，一脚踢开了那名高手。
“终于找到了！”林羽按下了一个红色的按钮，制造设备的运转声戛然而止。
“干得好！”柯南和灰原哀跑过来与林羽会合。
然而，他们的行动激怒了黑衣组织，更多的敌人源源不断地涌来。
“我们必须想办法离开这里！”灰原哀说道。
柯南观察了一下四周，发现了一条通往屋顶的通道。“跟我来！”
他们沿着通道一路向上，来到了屋顶。但此时，屋顶上也已经有黑衣组织的成员在等候着他们。
“看来今天是逃不掉了。”林羽说道。
“不，还没到绝望的时候。”柯南坚定地说。
就在这时，警方的直升机出现在了上空。
“是目暮警官他们！”柯南兴奋地喊道。
原来，柯南在行动之前就已经通知了警方，让他们在关键时刻前来支援。
警方在空中对黑衣组织的成员进行了火力压制，为柯南他们开辟了一条逃生的道路。
“快，跳上直升机的绳索！”目暮警官喊道。
柯南、林羽和灰原哀毫不犹豫地抓住绳索，被直升机带离了现场。
回到地面后，警方立刻对黑衣组织的制造工厂进行了全面搜查和封锁。
“这次多亏了你们，才阻止了一场巨大的危机。”目暮警官说道。
柯南微笑着说：“这是我们应该做的。”
经过这一系列的事件，黑衣组织的阴谋被彻底粉碎，他们的势力也受到了极大的削弱。
然而，柯南知道，这还不是结束。还有一些残余的黑衣组织成员在暗中活动，他们必须保持警惕。
在接下来的日子里，柯南、林羽和灰原哀继续协助警方，对黑衣组织进行深入调查和追捕。
毛利兰和毛利小五郎也逐渐了解了事情的真相，对柯南他们的勇敢和智慧感到无比敬佩。
“柯南，你真的是个了不起的孩子。”毛利兰说道。
柯南不好意思地笑了笑。
终于，在大家的共同努力下，黑衣组织的残余势力被一一清除，东京又恢复了往日的和平与安宁。
柯南也终于可以放下心中的重担，继续享受他的小学生生活。而林羽则因为在这次事件中的出色表现，成为了网络安全领域的知名人物。灰原哀也逐渐走出了过去的阴影，开始了新的生活。
他们的冒险故事，成为了人们口中的传奇，激励着更多的人勇敢地面对困难，守护正义。