经过一番波折，柯南等人成功协助警方打击了神秘组织的残余势力，城市暂时恢复了往日的平静。然而，这份平静并没有持续太久。
一天，柯南在放学回家的路上，无意间听到了两个陌生人的谈话。
“听说了吗？最近出现了一些奇怪的事情，好像和之前那个被摧毁的神秘组织有关。”
“真的吗？不会又要出什么乱子吧？”
柯南心中一紧，立刻跟上这两个人，试图获取更多的信息。
经过一番打听，柯南得知在城市的边缘地带，出现了一些不明身份的人在暗中活动，他们的行为十分诡异。
柯南将这个消息告诉了毛利兰、林羽和灰原哀。
“这会不会是神秘组织的新动作？”毛利兰问道。
“很有可能，我们不能坐视不管。”林羽说道。
于是，他们决定再次展开调查。
他们来到城市边缘的那个区域，发现这里气氛异常。街道上行人稀少，偶尔有几个形迹可疑的人匆匆走过。
柯南等人小心地跟踪着这些可疑的人，来到了一个废弃的仓库。
仓库外面有几个人在站岗，看起来戒备森严。
“我们要怎么进去？”毛利兰低声问道。
林羽想了想：“我可以用我的科技设备干扰他们的监控系统，制造一点混乱，然后我们趁机溜进去。”
林羽成功地实施了计划，柯南等人趁乱进入了仓库。
仓库里堆满了各种箱子，他们悄悄地打开一个，发现里面装着一些奇怪的仪器和文件。
“这些是什么东西？”灰原哀拿起一份文件仔细查看。
就在这时，他们听到了脚步声。
“不好，有人来了！”柯南说道。
他们急忙躲在一堆箱子后面。
进来的是几个穿着黑色制服的人，他们在讨论着什么。
“这批货物必须尽快运走，不能让任何人发现。”
“可是警方一直在盯着我们。”
“不管怎样，一定要完成任务。”
柯南等人意识到事情的严重性，决定先离开仓库，再想办法。
然而，在他们离开的时候，不小心发出了声响，引起了敌人的注意。
“什么人？”敌人喊道。
柯南等人拼命逃跑，敌人在后面紧追不舍。
在逃跑的过程中，毛利兰不小心扭伤了脚。
“小兰，你怎么样？”柯南关切地问道。
“我没事，你们别管我，快跑！”毛利兰说道。
“不行，我们不会丢下你的！”林羽说道。
就在这时，灰原哀发现了一个隐藏的通道。
“这边！”灰原哀喊道。
他们扶着毛利兰进入了通道，暂时摆脱了敌人的追捕。
通道里阴暗潮湿，弥漫着一股难闻的气味。
“我们要尽快找到出口。”柯南说道。
他们在通道里摸索着前进，突然听到了一阵低沉的嗡嗡声。
“这是什么声音？”林羽问道。
“不好，是一群蜜蜂！”柯南说道。
他们急忙用衣服捂住头，拼命向前跑。
终于，他们找到了出口，来到了一个陌生的地方。
“这是哪里？”毛利兰问道。
“不知道，但我们先躲起来，等安全了再想办法回去。”柯南说道。
他们在附近找了一个隐蔽的地方躲了起来。
过了一会儿，没有发现敌人追来，他们才松了一口气。
“我们必须尽快把这里的情况告诉警方。”灰原哀说道。
“可是我们不知道自己在哪里，怎么联系警方？”林羽问道。
就在他们感到无助的时候，柯南发现了不远处有一个电话亭。
“我们可以用那个电话亭打电话。”柯南说道。
他们来到电话亭，拨通了警方的电话，将仓库里的情况告诉了警方。
警方迅速行动，包围了那个仓库。
柯南等人也赶了回去，协助警方进行调查。
经过一番搜索，警方发现了那些奇怪的仪器是一种新型的武器，而那些文件则是关于一个更大的阴谋的计划。
“看来事情比我们想象的还要严重。”柯南说道。
“不管怎样，我们一定要阻止他们。”毛利兰说道。
然而，他们不知道的是，一场更大的危机正在悄然降临……