八艘腿短的笛型货船又如何跑得过战舰，被荷兰人丢下的笛型船很快就被南洋海军快速梯队的八艘六级舰追上，从背后一阵炮火猛烈轰击。
六级舰的六磅小炮打上去不痛不痒，但链弹打掉风帆，使得本来腿就短的笛型船变成瘸子，更是跑不动。随后王新宇亲自率领的德雷克号、勇气号、赫克托号等战舰合围上来，用一通猛烈的炮火招呼上去，荷兰人就乖乖的打出白旗投降。
快速梯队的六级舰继续追击其他的荷兰船，连续击沉了三艘快艇，五瞍小型战船，还拦下了一艘小型亚哈特船，迫使那艘荷兰船投降。
还有一艘没来得及跑掉的武装盖伦船也被明军追上，四艘快速的六级舰纠缠住荷兰人，就像四条恶狼撕咬一头壮士的公牛一样，打得荷兰船寸步难行。随后两艘五级舰追上武装盖伦船，向荷兰人发出旗语，让他们投降。
海面上浮浮沉沉的都是落水的荷兰人，刚刚被击沉了三艘快艇和五瞍小型战船，有三百多名荷兰人跳进海里。
赤颈鸭号带着她的姊妹舰，在海面上打捞起荷兰人。这些俘虏可都是白花花的银子
！只要明军在巴达维亚湾外封锁上一段时间，荷兰人肯定会派人来谈判。到时候就能把俘虏和缴获的笛型船都拿来卖钱。
偷袭巴达维亚的战役大获全胜，王新宇共计缴获了四艘巨大的东印度船，十一艘大型亚哈特船，一艘武装盖伦船，一艘小型亚哈特船和十艘笛型船，击沉炸沉了二十多艘大小船只，致使巴达维亚的荷兰人完全丧失了制海权。
“王军门，我们是不是可以冲进巴达维亚湾去，把红毛鬼所有船只全部击沉？”陈雷提出了建议。
亲兵李锐也附和道：“对，我们现在大获全胜士气正旺，刚好可以趁胜追击。杀进巴达维亚湾，把红毛鬼的所有船全部击沉到海底。”
对李锐的提议王新宇是直摇头，在海战中士气并非是决定性的因素，更重要的是看战舰和人员素质。在海战中。一艘战舰上只要舰长不跑，哪怕三分之一的水兵崩溃了，想要逃跑，都不可能有太大的影响，因为他们都是这艘战舰的一份子。只要舰长不跑，谁都别想跑，水兵们想要活命，就只能充分发挥自己的技术拼死一战。而在陆地上，只有十分之一的士兵心理崩溃，开始逃跑，就会导致全军崩溃。
“各位，我们现在的胃口还没办法吃下巴达维亚，荷兰人已经失去了制海权，我们又何必冒险进入巴达维亚湾内？现在荷兰人已经有准备了。我们进入海湾内，只会遭到他们的海岸炮台攻击！就算把他们那些不值钱的小船全部击沉，又能起到什么效果？我们还不如就在这里等待，等他们来和我们谈判，我们从谈判桌上捞取更多的利益。”王新宇开口道。
明军舰队封锁住巴达维亚湾，阻止任何船只进入巴达维亚，也阻止港内的荷兰人离开。为了做好长时间拖住荷兰人的打算，王新宇在巴达维亚湾外围的几座比较大的岛屿上修建了码头，并用俘虏的苏禄土著人开发荒地，开辟出水稻田和菜地。在军舰上养的鸡鸭猪羊也被送到岸上。在岛上建造养殖场。
与此同时，王新宇还派遣几艘船去了一趟坤甸，带回一批对汉人友善的，懂得捕鱼的苏禄人和他们的独木舟。让他们在附近岛屿上居住，负责捕鱼，给明军提供海鲜。
但是半个多月过去了，荷兰人也没有派人出来找在海上巡弋的明军舰队谈判。
巴达维亚城内有三千多华人，爪哇岛上其他地方还有五千多华人。城内的华人从事商业活动，开设店铺、赌场。从事货物加工、零售等行业。爪哇岛其他地方，包括在万丹王国的华人主要是开种植园，种植甘蔗和其他水果。而荷兰人的人数其实不是很多，只有五千多人，东印度公司的其他白人大部分都是欧洲跑来淘金的其他国家白人。
爪哇岛上的荷兰人虽然被封锁，但岛上的食物还是足够他们吃的。至于贸易被中断了，克伦克认为，外面的海盗不可能永远封锁下去，只要长时间没有货物送回国内，半年后国内的舰队就会赶来，到了那时就能轻松击败海盗。
到了八月四日的时候，在北面巡逻的一艘六级舰回来帕里岛上向王新宇汇报：“北面发现两艘荷兰大船，还有六艘荷兰小船！”
“立即出击！把这些荷兰人拦下来！”王新宇果断的带着两艘四级舰、两艘五级舰和四艘六级舰前去拦截荷兰船队。
谁知道明军战舰刚刚靠上去，还没发射一发炮弹，荷兰船就挂出了白旗。
八艘南洋公司的大船上，放下了八艘小船。四百多名海军陆战队员分乘八艘小船，分成多批划着小船过去，去接管投降的荷兰船。等到控制住荷兰人之后，王新宇亲自带着亲兵队，乘坐小船靠上了荷兰船
。
刚刚踏上荷兰船，就听到一名荷兰人用生硬的闽南语大声喊叫着：“我们是从台湾过来的！你们的延平王爷放了我们！你们不能扣押我们！”
“这是怎么回事？”王新宇问道。
陈雷回道：“回军门，这个红毛鬼说是从东番岛上回来的，他们已经向延平王投降了，他们赔偿了延平王不少银子，双方已经签了协议了，延平王才把他们放回来。没想到来到这里又被我们抓住了。”说着陈雷就把荷兰人向郑成功的投降协议书拿出来呈给王新宇。
王新宇接过投降协议书一看，才明白，原来这个荷兰人就是揆一！这家伙在东番岛上向郑成功投降，之后等到了两艘开往日本的商船回来，荷兰人把大炮、银子和仓库里面的贵重货物留了下来，只带着食物和随身武器撤离台湾。揆一带人登船准备返回巴达维亚，谁知道在快到巴达维亚的时候，又被明军拦住一次。
王新宇看完了投降书，笑着道：“揆一先生，你已经投降一次了。不妨再投降一次吧！因为我们是南洋公司，和延平王无关！这样吧，你先到我岛上去住几天，我会派人给巴达维亚的总督送信的。只要他们派人来谈判。我就会把你们送回去。”
“你没有权力扣押我！我们和你们已经有投降协议了！我们已经停火了！”揆一愤怒的大声喊叫着。
但王新宇才不管这些荷兰人如何抗议，他下令把荷兰人带上帕里岛。
“哈哈哈！我们手头又多了六百名俘虏！这一下我们谈判的筹码就更足了！”王新宇想一个奸商一样得意的大笑起来，这些俘虏在他的眼中仿佛都是白花花的银子一样。
随后王新宇写了一封给巴达维亚方面的信，然后从俘虏里面挑选了一名荷兰士兵，把他放回去。让去巴达维亚报信。王新宇在信里面写着：尊敬的巴达维亚总督先生，你们的揆一先生，樊德朗先生都在我们手里，东番岛已经被我们占领了，如果你们还想要海上贸易的话，那就派人来和我们谈判！否则我们很乐意去同葡萄牙人和西班牙人合作。另外，也请你们不要想着欧洲的战列舰会来这里，因为他们要对付英国人的战列舰。
第二日上午，一艘挂着白旗的小船来到帕里岛上。
克伦克派来的谈判代表登上了帕里岛，见到了王新宇。
王新宇见到荷兰代表。微笑着嘲讽道：“我还以为你们舍不得来谈判了！我在这里已经等了你们半个多月了，如果你们还不派人来，我只好在这里继续等下去。不过无所谓，西班牙人和葡萄牙人的船已经开始运输东西了，另外，英国人如果知道这个消息肯定很高兴，他们的东印度公司的船肯定也很乐意过来。”
“请问王先生，你这话是什么意思？”荷兰代表愤怒的问道。
“因为你们荷兰人太喜欢吃独食了，有好处就想着自己，不肯分给别人一口。你们的舰队封锁马尼拉。封锁澳门，还封锁了马六甲海峡，不管是西班牙人，葡萄牙人还是英国人。肯定都很不喜欢你们吧？”王新宇胸有成竹的笑着道。
“你们就是一群无耻的海盗！”荷兰代表愤怒的说道。
“咦，好像您说反了吧？真正的海盗是你们，而不是我们。不过今天我们不谈这些不愉快的事情，我们应该好好谈一下，我们怎么合作的事情。”
接下来王新宇开出了条件：第一条是南洋公司要马六甲海峡的通道，荷兰人必须允许悬挂着南洋公司旗的船只自由进出马六甲海峡
。不得阻拦；第二条是南洋公司要在马来半岛上设立一座城市作为据点，荷兰人不得攻击；第三条是南洋公司把缴获的十一艘战舰和四艘东印度船列入南洋公司，其余的船只可以还给荷兰人；第四条是荷兰人必须拿银子来赎回他们的俘虏和船只，一共需支付给南洋公司一百万两白银；第五条是巴达维亚当局必须保证在爪哇岛上华人的安全，否则将会视为向南洋公司宣战；第六条是帕里岛属于南洋公司。
荷兰代表说道：“这样的条件我无权答应，这件事我还必须向我们的总督大人请示。”
“那你就尽快让他派遣一位能做主的人来谈判，我的耐性是有限的！如果你们不能合作的话，那么我十分乐意同英国人合作。现在你们的舰队被我们消灭了一大半，我们完全有实力再消灭你们在金洲的舰队，然后我们派船去金奈找英国人。”王新宇提醒荷兰代表说。
荷兰代表回去之后，把王新宇开出的条件告诉了巴达维亚当局。
巴达维亚当局经过一番研讨之后，最后派遣科布雅?考乌登上帕里岛，同王新宇谈判。
八月七日，科布雅?考乌登上帕里岛。见到王新宇之后，科布雅?考乌告诉王新宇说：“我们巴达维亚当局对王先生提出的提出的关于南洋公司船只在马六甲海峡自由航行，南洋公司在马来半岛设立据点，保证爪哇岛华人安全以及帕里岛归属南洋公司这几条都没有异议，但是你们缴获的我们所有船只都必须如数归还，我们可以支付赎金！还有，你们抢走我们几条货船和几百个人，就要我们拿一百万银子，这也未免胃口太大了吧？”
王新宇装出一副无奈的样子，哭丧着脸：“把船全部还给你们，我们也太亏本了吧？我辛辛苦苦策划了那么久，结果到头来一场空。”
科布雅?考乌心想：此人怎么那么无耻？明明是无本生意，居然还说亏本！于是他开口道：“王先生，那些船本来是我们的，被您给抢走了，我们现在愿意出钱把船赎回来，这对您来说是无本生意，怎么能说亏本？”
王新宇问道：“那你们愿意出多少钱来赎回这些船？”
“一百万银子赎回所有船，另外我们再支付三十万银子赎回我们的俘虏。”科布雅?考乌开出了价格。
王新宇无奈的摇了摇头，两手一摊：“这也太便宜了吧？这些船如果我们拉去金奈卖掉，就算是当旧船卖，恐怕都不止一百万吧？就那四条千吨级的东印度船，就不止四百万了！我想一条卖三十万，都有人买。”
“王先生，我们是好心和你们谈判，希望你不要得寸进尺！”科布雅?考乌愤怒道。
“如果无法谈拢，那你们的人，还有你们的船，我都送到印度去卖给英国人！考乌先生，您也知道我们和英国人是朋友。”
听说要把俘虏都送去英国人那边，科布雅?考乌大吃一惊，他知道这些荷兰高官如果去了英国人那边，英国人开出的价格肯定更高！在欧洲，贵族骑士之类的被俘之后，都要花很多钱赎回的。
经过一番讨价还价，最终双方达成了双方都可以接收的协议：
除了双方都没有异议的那几条之外，王新宇归还所有的笛型船，归还六艘战舰和两艘东印度船，荷兰方面支付八十万两银子当赎金；王新宇放回被俘的揆一、樊德朗等人，荷兰方面支付五十万两银子当赎金。