依照约定，在朝廷按照桓温提交的请封名单进行册封之后，桓温也如约退出了姑孰城，离师城南的青山之上，同时，桓温也指示桓冲，可以彻底剿灭文卢贼军了，此时的桓冲正尾随文卢起义军至合肥一带，在接到桓温的命令之后，当即带领部队冲进了文卢军的驻地，文卢军因为桓冲军长期尾随而不歼灭的原因，早就对他们放松了警惕，现见桓冲军冲了进来，本能的以为又要赶他们走，于是便连忙丢掉手中的家伙事开始逃窜，没想到这次跟以前不一样，以前桓冲军都会留一个方向的缺口让他们逃跑，这次却是彻底包围起来了，这让文卢军逃无可逃，面对桓冲的铁壁合围，文卢这才慌了神，但是很快又镇定了下来，其实对于他而言，早就预料到了这一天，而且他也受到了四处逃窜的苦，现在这一天终于到来了，他反而平静了下来。
由于桓冲接到的命令是恪杀无论、斩草除根，因此桓冲军包围文卢军之后，就展开了最残酷的大屠杀，由于文卢起义属于农民起义的性质，队伍里有很多拖家带口的老幼病残，这些本该不应当受战争之苦的群体，依然被桓冲所斩杀，面对桓冲军的残暴，文卢微微一笑，提起了他那把带血的剑，昂头望向苍茫的天空之后，便自裁于乱军之中。
在文卢自杀之后，剩下的起义军在李弘的带领下，抛弃老弱病残，拼死冲出了重围，他本想带领这支仅剩的队伍向北逃窜到陈留一带参加乞活军，但是没有想到却迎头撞上了桓温的部队，当时桓温正率领大军向寿春进发，在碰到李弘的残军之后，当仁不让的将他们全部剿灭了，至此，延续了整整两年的文卢起义，终于落下了帷幕。
在彻底剿灭文卢起义之后，桓温特意命此时正在桓冲军中担任参军的谢玄带着文卢、李弘的首级前往京城复命，桓温之所以让谢玄前往京城复命，其实也是想进一步拉陇谢氏一族，毕竟在顶级门阀当中，陈郡谢氏和琅琊王氏两家是顶级中的顶级，只要能够拉陇到这两家当中的一家，那么天下也就稳了。
桓温此次前往寿春其实是为了段齐的事情，割据青州的段部鲜卑首领段龛对慕容鲜卑的首领慕容俊称帝一事非常的不满，在他看来，慕容鲜卑之所以有今天的成就，完全是依靠他们段部鲜卑的扶持才起来的，崛起后的慕容部不但没有帮衬他们段部，反而将他们赶出了辽西老家，赶出来也就算了，毕竟大家都同属一个民族，又共同臣服于大晋，但是没有想到慕容部居然敢贸天下之大不违，公然的称帝，改朝换代，这就有点太过份了。
东晋因为离着辽西之地太过遥远，面对慕容俊的称帝，也只能是口头上谴责一下，毕竟当今天下称帝的太多，东晋也管不过来，但是段龛就不一样了，他对慕容俊的称帝行为十分的愤怒，亲自写信指责慕容儁自称皇帝，因为慕容部鲜卑在崛起的过程当中多次娶段部鲜卑的女人为妻，从慕容俊的祖父慕容廆，到父亲慕容皝，再到自己亲弟弟慕容垂的妻子都是出身于段部鲜卑，从这一点上来讲，段部与慕容部是世代联姻，也正是因为基于这一点，所以段龛指责起慕容俊来毫不客气，因为慕容俊的母亲是文明皇帝是段部鲜卑首领段疾陆眷的孙女，而段疾陆眷又是段龛的曾祖父，因此按辈份慕容俊应该是段龛的表舅，因此段龛在信中直接称呼慕容俊为表舅，指责他不应该窃取神器，私自称帝，要求他立即取掉帝号，做一个王足矣。
段龛的信让慕容俊怒不可遏，因为此前慕容俊任命的青州刺史朱秃经常受与乐陵太守慕容钩的欺侮而投奔了段龛，慕容俊因为刚称帝国内事情较多因此没有来得及处理，现在段龛又上了这么一封侮辱他的信件，这让年轻气盛的慕容俊忍不可忍，因为段齐政权目前名义上臣服于东晋，摄于桓温的威名，慕容俊暂时还不敢招惹东晋，恰巧桓温又正在进行第二次北伐，正在洛阳围攻羌族的姚襄，这让慕容俊瞅准了机会，便认命太原王慕容恪为大都督、抚军将军，阳骛为副手，前去攻打段龛。
愤怒归愤怒，慕容俊还是比较理性的，否则的话他也当不了前燕的开国皇帝，他认为段齐政权虽然偏居于一隅，但实力还是很强的，因此并不指望慕容恪能够灭掉段齐，因此在慕容恪出征之前，慕容俊对慕容恪嘱咐道：“如果段龛在黄河边抵御，你们无法渡河，就直接去捉拿吕护，然后返回。”
吕护是冉闵手下的大将，在冉闵兵败身亡之后曾暂时投奔臣服于东晋的幽州刺史王午，后来王午割据鲁口之后，被其部将秦兴所杀，吕护又杀秦兴，自称安国王。
慕容俊的意思很简单，那就是段齐政权如果在黄河边上防御，使大军无法渡过黄河，不要强攻，只需要把鲁口的吕护捉回来就行了。
由此可见，能够控制住自己的情绪是多么的重要，慕容俊虽然愤怒，但是也分得清轻重，他不想因为自己的愤怒而白白的消耗自己的实力，因为给了慕容恪比较大的自由权。
但是对手的愚蠢却又实在是出乎自己的预料，当时的太原王慕容恪对能不能打下段齐一时也有所顾虑，于是便先派轻装部队到黄河岸边准备舟船，以观察段龛的动向。段龛的亲弟弟段罴，是段齐政权当中少有的骁勇有智谋的人，他对段龛说：“慕容恪善于用兵，而且兵力众多，如果听任他渡过黄河，进军城下，恐怕我们想投降也不能被允许。请哥哥你固守城池，我率领精锐到黄河边抵御，如果有幸获胜，哥哥再率领大军跟进，一定会大举成功。如果不能获胜，不如及早投降，还不失为千户侯。”对于段罴的合理化建议，段龛没有听从，他始终认为段部鲜卑是慕容部鲜卑的恩人，慕容俊称帝就是大逆不道，因此与慕容部鲜卑誓不两立。
见段龛如此愚昧，段罴十分着急，他很清楚若是放任慕容恪渡过黄河的话，山东地界一马平原，对骑兵极为有利，到时候段齐政权的都城广固城是绝对守不住的，为了段部的整体利益，段罴继续坚持自己的请求，苦苦哀求段龛允许自己的黄河边上布防，这就惹恼了段龛，段罴因为足智多谋有远见而在段齐政权内部一直深受欢迎，这让段龛十分的不舒服，一直担心段罴会夺了自己的大位，因此一直想除掉段罴，但是因为是自己的亲弟弟，因此一直没有动手，现在正好借这个机会除掉段罴，于是一不做二不休，以段罴妖言惑众动摇军心为由，直接把段罴给杀了。
段龛把段罴给杀了以后，慕容恪大喜过望，直呼“天助我也”，不再有任何顾虑，当即率领大军渡过了黄河，一路打到了济水边上，离段齐政权的都城广固只有一百多里路。