穆帝这一罢工，整个朝野再次惶恐不安，一来是之前的反桓温联盟都是以穆帝为核心，有穆帝在这里撑腰他们怎么闹都行，现在穆帝这个保护伞一撤，伞下的人立即就暴露在阳光下，自然是惶恐不安；二来桓温这次实在太过强势，直接带兵进京，并且很快就控制了京城的防卫和禁军宿卫，虽然没有像王敦或苏峻那样直接带兵上朝，但是也足以震慑群臣了，再加上前两次叛乱时不少士族高官皆死于屠刀之下，这次显然没有人愿意再当刀下之鬼。
当然，任何时代都不缺少忠臣与直臣，虽然东晋皇权是历朝历代最弱的，也是最让人瞧不起的，但是在忠君思想的影响下，还是有忠臣的，廷尉王允之就是一位，在将武陵王等人打入大牢之后，王允之就立即着手审阅侦查，王允之即是一位忠臣又是一位难得的直臣，出身琅琊王氏的他根本就不惧桓温的滔威，虽然桓温的弟弟桓秘多次以协助调查的名义向王允之暗示，但是王允之依然不为所动，依然坚持秉公执法，郗超害怕王允之坏了大局，屡次向桓温进谏杀掉王允之，但是桓温认为王允之是难得的直臣，所以一直不肯下手，所以王允之得以秉公办案。
而王允之的办案能力确实是一流的，在短短的三天时间里就全部调查完毕，最终的结果也是显而易见的，那就是查无实据。
然而此时的朝堂已然不是三天前的朝堂了，在穆帝病倒之后，司马昱主持朝政，在桓温的要求下，司马昱恢复了郗超的职务，同时罢免了一大批跟随武陵王司马曦反桓温的大小官员，桓温实际上已经控制了朝政。
所以对于王允之呈上来的“查无实据，并无谋反迹象”的侦办结果，桓温并不感到意外，这本来就是一起他故意制造的冤案，王允之又是出了名的直臣，若是能查出实据来那就怪了。
而桓温之所以任由王允之秉公办案，除了欣赏王允之这样的直臣以外，另一个用意就是效仿秦国时的赵高，当年赵高为了检验自己的威望，于是便设局试探群臣，故意拉了一只鹿来，当着皇帝的面说这一匹马，皇帝大笑说这明明是鹿，怎么可能是马呢？但是没想到群臣惧怕赵高的淫威，纷纷顺着赵高的意思说这确实是马，而没有顺着赵高意思而说这是鹿的，自然也在日后被赵高用各种理由给处死了。
桓温当然不想当赵高，但是为了彻底掌控朝政，将反对自己的势力彻底打压下去，然后自己才能放心的北伐，否则的话后方总有人给你捣乱，自然是闹心的很。
于是在王允之侦办结果出来之后，桓温又再次上书要求诛杀武陵王司马曦、新蔡王司马晃等人，并且言词异常激烈，在桓温的带动下，之前早已投靠桓温的士族高官也纷纷上书要求诛杀二王其及党羽，这让主持朝政的司马昱很是难堪，他明知道司马曦是被冤枉的，并且廷尉也已经明确给出了侦办结果的情况下，却依然不敢释放武陵王等人，身为摄政王却连自己的亲哥哥都救不了，这让司马昱很是悲伤。
为了保住自己哥哥的命，司马昱最终还是放下身段，以近乎哀求的口吻向桓温说道：“对于武陵王等人叛乱之事，即然廷尉已经查无实据，就已经证明此事子虚乌有，但是大司马却依然要诛杀武陵王等人，同室操戈的事情在晋惠帝时代已经上演过一次了，结果就是山河沦陷，生灵涂炭，我实在不忍再出现这样的事情，所以对于这件事情，我既悲痛惋惜，又惊恐不安，这种事我连听都不愿意听，何况还要我下令呢!还望大司马再研究研究!”
见司马昱如此低声下气，桓温也不好再逼迫他，于是便不再进言，见桓温不再进言，其他人自然也不会再进言，于是司马曦等人再次逃过一劫。
但是桓温杀人立威的决心十分的坚定，在退朝之后，桓温再次召集郗超、江彪、桓秘等人商议，郗超的意思是桓温不应该顾及司马昱，此时的司马昱已是跛脚之鸭，空有摄政的头衔，其实啥事也指挥不动；
郗超建议桓温应该一鼓作气，继续逼迫司马昱，让司马昱亲自下令诛杀武陵王等人，这样既避免了桓温诛杀宗室的坏名声，又让司马昱声望尽失，从此普天之下就再无人敢跟桓温作对了。
郗超的建议痛快是痛快，但是桓温并不想做的这么绝，于是郗超便又说出了第二个建议，那就是让宗室告宗室，从宗室当中再找一个不中用的王爷，上书请求诛杀武陵王等人，这样就可以把桓温给摘出来，避免了桓温的尴尬。
“让宗室告宗室？”桓温默念了一句，这计好是好，但是再去哪里找这样的宗室呢？新蔡王司马晃是个软蛋，所以吓唬吓唬就行了，其他的王爷当中琅琊王司马丕一心求仙，天天在家练丹玩，不问政事很多年，东海王司马奕还小，所以近支亲王肯定是不行了，只能从其他旁支王爷当中选了。
经过反复讨论，郗超等人觉得谯王司马恬正合适，之所以说他合适，是因为此时的司马恬正担任御史中丞的职务，而御史中丞就是负责监督、弹劾官员的，所以让司马恬上书朝廷也算是职责所在。
而且司马恬的父亲司马无忌还跟桓温同过事，当年桓温刚收复益州之时，朝廷为了限制桓温势力的发展，派司马无忌前往成都担任益州刺史，当时桓温虽然很反对，但是因为当时的实力不行，最终也只得默认了。
虽然司马无忌去益州是朝廷监视桓温的，但是司马无忌到任成都之后，也并没有给桓温捣乱，相反还很积极的配合桓温的工作，这让桓温很是感激，对司马无忌赞誉有加。
司马无忌去世后，他的儿子司马恬继承谯王的爵位。司马恬很有才干，曾任司雍秦梁四州的大中正，负责为国选材，后来又担任太子詹事、吴国内史、尚书右仆射等职，因为是宗室当中少有的有才干之人，所以在穆帝亲政之后，又把司马恬提拔为御史中丞，负责监察百官。
谯王的始封王是司马懿六弟司马进的长子司马逊，在宗室当中算是非常偏远的旁支王爷了，虽然是旁支，但也是王爷，由谯王司马恬出面弹劾武陵王等人，不管从哪方面看，都是最合适不过的了。
所以，桓温在听完郗超的分析之后，也觉得司马恬最合适，这次他没有让桓秘出马，而是直接派郗超去找司马恬，郗超也发挥了自己不要脸的精神，在威逼利诱之下，司马恬只得答应第二天的时候上书弹劾武陵王司马曦。