废帝是天大的事，自然不是不能桓温这帮人说说就能废了的，桓温必须取得朝堂之上征询大臣们的意见，只有大多数大臣们的意见都同意了，才能正式进行废帝。
因此，桓温便命江彪等人召集群臣，在皇宫太极殿集会商议废帝之事，由于桓温决议立司马昱为新的皇帝，所以便没有邀请司马昱，因此除司马昱之外的所有大臣都来到了太极殿商议此事。
由于群臣事先并不知道桓温召集他们是商议废帝的事情，因此当桓温当众以“司马奕阳痿而不能生育子嗣，所生三位皇子皆非皇帝亲子”为由，要求废帝的时候，百官们都十分的震惊恐惧，一方面他们震惊于桓温的理由简直是太过扯蛋，自古以来还没有人用这么扯蛋的理由来废除皇帝的，这桓温也算是独一号的，二来是废立皇帝是自司马炎建立晋朝以来从未有过的事情，所有面对这种情况，所有人不知道该怎么办。
此时心存晋室的王彪之、王坦之、谢安等人深知桓温这是想通过废帝来立威，而立威之后剩下的事情就是篡位了，三人是顶级门阀当中为数不多的没有明确投靠桓温的家族了，虽然他们也并不是司马氏的铁忠粉，但是在如此大事面前还是要争取一下的，当然，在司马氏明显已经走下坡路的情况下，三人也得考虑自己家族的整体利益，因此也不能公然的跟已经形成气候的桓温势力想抗衡。
于是乎，已经升任尚书左仆射的王彪之便决定将矛盾引到太后褚蒜子那边，想通过褚蒜子的威望和与桓温的关系来打消桓温废帝的顾虑，毕竟在之前褚蒜子摄政的时候，褚蒜子是司马氏政权的坚定维护者，所以，王彪之便首先开口说道：“废帝乃大事，理应由太后同意并下诏执行才行。”
众人一听，甚是有理，废立皇帝这么大的事情怎么可以不告知太后一声呢？毕竟历朝历代以来通过太后废立皇帝的不在少数，因此便纷纷点头称是。
桓温一听，不由的微微一笑，心想自己幸好提前跟褚蒜子打好招呼了，现在群臣要求必须得到太后的同意，那么自己就顺应民意一会，带他们去面见褚蒜子，只要褚蒜子同意了，并下了正式的废帝诏书，那么这件事就符合流程了，民间反对的声音也不会太大，自然也就失去了很多不必要的麻烦。
于是桓温便同意了王彪之的意见，当即带领群臣前往崇德宫，信心十足的桓温要求郗超提前起草好废帝诏书，连同请立册立丞相司马昱为帝的奏章一并奉上。
而此时的褚太后正在佛堂烧香，大太监高阳和内侍阿春都没有见过这么大的阵仗，所以一路慌慌张张的来向褚蒜子汇报说道：“太后，外有紧急奏章。”
褚蒜子正在拜佛，对外人的打搅很是不满，但还是耐着性子把奏章和诏书拿过来了几言，由于郗超在废帝诏书中把司马奕阳痿嫔妃与外人私通之事写的太露骨，这让褚蒜子很是反感，所以看了几行便就看不下去了。
但是褚蒜子又知道这是桓温的计策，但是他又没想到桓温会用如此下三滥的理由来废帝，因此心中对桓温也很是不满，于是便决定故意晾晾桓温。
于是褚蒜子便对太监高阳说道：∶\\\"谣言一起，我就猜到会有这种事!\\\"
然后她又看了几眼奏章，便命内侍阿春找来一支笔，在奏章上批复∶\\\"我不幸遇上百般忧患，感念生者与死者，心如刀割。\\\"同时又命阿春拿来了太后玉玺在废帝诏书上盖上了大印，并嘱咐高阳一定要在正阳时分再把诏书送出去。
桓温带领群臣在门外左等右等就是没有等到诏书出来，桓温不由的开始担心褚太后会不会最后变卦，开始反对这个事情了。
想到这里，桓温不由的开始恐慌，脸都变绿了，由于此时正是夏季，太阳毒辣，所有人的衣衫都被湿透了，而诏书却迟迟没有送出来，大家也不知道褚蒜子到底是支持还是反对，恐慌不安的群臣没有办法，在诏书没有送出来之前只好继续坚持跪倒在皇宫门口，等待着褚蒜子最后的批复。
最终，在中午时分，当大太监高阳慌慌悠悠的把诏文送出来的时候，桓温紧张的心都快跳到嗓子眼上了，当郗超告诉他太后已经批准了废帝诏书之后，桓温才大舒了一口气，如释重负般的深呼吸了几下，然后心中暗暗的嘀咕道：“蒜子啊蒜子，你可是差点把我给吓死啊。”
尚书仆射王彪之见事情已无法挽回，心中虽然不悦，但是也很无奈，如果连褚蒜子都不准备保司马氏的话，那么他这个外人就更没有必要保司马氏了，还不如赶紧投靠新主子，以便在新的王朝里继续延续家族的荣耀。
想到这里，王彪之便对桓温说∶\\\"就算您要行废立之事，也得按规矩来啊!不如效法前代的成规来执行。\\\"
桓温有些惊讶的看着王彪之，心想这小子变脸也变的太快了吧，不过对桓温来说已经无所谓，太原王氏也算是顶级门阀了，若是能得到太原王氏的支持，那么自己的事业也就更加顺心了
于是便大度的对王彪之说道：“那么一切就交给王仆射了。”
得到桓温允诺的王彪之立即命人取来了《汉书霍光传》，依据《汉书》里面记载的霍光废黜昌邑王的故事来制定礼节仪制。
而皇帝司马奕也知道大势已去，其实司马奕能够当这个皇帝本身就是检漏，当了六年皇帝其实自己就是傀儡，什么事也说了不算，跟汉献帝与高贵乡公又有何异，因此他早已经不在乎什么皇位不皇位了，只要能保住自己的性命就行，所以自己也就显的很坦然。
两天后，在皇宫太极殿前，桓温召集了所有大臣，王彪之身穿朝服面对朝廷，神情沉着，毫无惧色，文武仪规典则，全都由他决定。
王彪之首先当众宣读了太后的诏令，宣布废黜司马奕为东海王，并诏令以丞相会稽王司马昱来继承皇位。诏令宣读完毕后，桓温又命内侍竺瑶、刘亨上前收取了司马奕的印玺绶带，并当众脱掉了司马奕的龙袍，摘掉了他的平天冠，司马奕神情十分的淡然，被脱掉龙袍后身穿单衣，在群众的注视下走下西堂，乘着那里早已准备好的牛车向神虎门走去。
看着司马奕黯淡的背影，谢安感到一阵酸楚，毕竟是天子，没有任何过错就被废黜，确实是挺可怜了，于是便第一个站出来哭着拜别，其他大臣见了，也只得装模作样的出来哭着拜别。
司马奕乘坐牛车出了神虎门之后，便被早已等候多时的禁军首领毛安之率军护送到了原来的东海王府，司马奕在位六年，毫无实权不说，还处处受到桓温的掣肘，可是即便这样，还是不能保住自己的皇位，成为了东晋历史上第一个被废黜的皇帝，也是中国历史上惟一一个因“阳痿”而被废黜的皇帝。
送走司马奕之后，依据规章制度，桓温又亲自率领百官，带着皇帝的印绶、玉玺、龙袍与平顶冠等天子器具，以及皇帝的车乘，浩浩荡荡的来到了会稽王府，迎接司马昱进宫登基。
早已知道消息的司马昱虽然有一百个不愿意，但是面对桓温的淫威与太后的诏令，也只得从命，于是司马昱便在王府的朝堂更换服装，戴上平顶冠，身穿龙袍之后，又面朝东方痛器流涕了一会，叩拜之后才正式接受了天子印玺绶带，然后随群臣浩浩荡荡的回到了皇帝，正式登基称帝。