人生不如意十之八九，这话不差，事情总是在最意想不到的地方出问题，就在桓温亲自率军抵达江陵，准备从江陵抵襄阳，从襄阳经汉水而直入涪陵，重现桓温当年率奇兵奇袭击蜀地的经典案例的时候，京城里传来了司马昱驾崩的消息。
看到司马昱留给桓温的遗诏，尤其是看到遗诏里没有让桓温摄政的意思之后，桓温瞬间不淡定了，一下子就瘫坐在了地上，侍从们赶紧上前搀扶，但是桓温却一摆手，示意他们不要碰自己，此刻的桓温最需要的是静一会，以便好好的消息这个惊人的消息。
其实说起来，桓温与司马昱算是亦敌亦友，司马昱可以说是参与或者经历了桓温官场生涯的所有事件。
当年的落魄小子桓温护送公主回京，遇到了的第一个朝廷官员就是司马昱，那个时候的桓温连个官都不小，还背负杀人的罪名，落魄的很，但是司马昱却丝毫不嫌弃他，不但带着桓温参加自己的府邸，还带他参加京城里只有顶流人士才能参加的清谈大会，让桓温能够得以结识当时京城的顶层人士，为自己以后的仕途铺路。
不但如此，司马昱还在公主的要求下，上书举荐桓温出任奉车都尉，虽然是个闲官，但也让桓温得以挤身官场，而后又力荐桓温出任彭城太守，桓温在彭城的出色表现让桓温得以在官场崭露头角；
在看到桓温的潜力之后，司马昱又趁着瘐翼刚死，荆州刺史位空虚之际，再次力荐桓温出任荆州刺史，而在荆州任上，桓温励精图治，开拓进取，抓住机会一举消灭成汉国，从而让桓温真正的崛起。
而让司马昱为了维护皇族的利益，开始不断的打压正在崛起的桓温，虽然二人在朝堂之上针锋相对，言辞激烈，但是私下里却依然经常在一起喝酒聊天，谈笑风生，也正是因为如此，桓温在最终决定废黜晋废帝司马奕的时候，才会毫不犹豫的决定扶持司马昱登基称帝，最重要的原因就是桓温认为司马昱已经年过半百，又资质平平，根本就不是自己的对手，所以才会放心的扶持司马昱登基称帝，其实就是为了自己好控制。
司马昱登基后，深知自己的处境，尤其是当看他到桓温杀掉废帝司马奕三个儿子的时候，更是日夜提心吊胆，一是怕桓温也会废掉自己，二是怕自己性命难保，毕竟桓温真发起狠来，把自己给宰了，满朝文武也不敢说什么。
正是因为心病太重，所以司马昱在登基没多久，就憔悴衰老了很多。
其实司马昱并不像桓温说的那样资质平庸，小的时候的司马昱聪慧绝伦的，司马昱从小就爱好读书，举止文雅，品行端正，生活俭朴，同晋时一般名士一样，喜欢清谈。
正是因为司马昱的这些品质，所以深得父亲晋元帝司马睿的喜爱，而大学者郭璞也对他评价甚高，声称振兴晋朝的非此君莫属。不过，司马昱成年后并未展示出令人信服的才能，仅以清虚寡欲、擅长玄学知名于世。
司马昱被立为皇帝后，对军国大政没有丝毫置喙的权利，每天拱默守道、毫无作为，属于名副其实的傀儡皇帝。在这种情况下，司马昱非常担心自己会沦为亡国君，加之司马奕被废时出现的“荧惑入太微垣”天象再次发生，使得他不能不忧心忡忡，甚至公开的桓温的智囊郗超询问桓温会否再行废立之事。虽然郗超一再打包票称桓温绝无再次废帝的打算，但依然无法消除简文帝心中的疑虑，并最终因此而忧愤成疾，病倒在了龙榻上。
最终，在桓温刚刚率军抵达江陵准备入蜀与前秦军队作战的时候，感觉自己时日无多的司马昱，决意召回桓温入朝辅政，同时商讨太子人选问题，但是桓温刚刚抵达江陵，军队士气正盛，怎么可能在这个时候回去呢？因此便拒绝了司马昱的召唤，继续为入蜀作战做准备。
无奈之下，司马昱只得自作主张，将自己与黑人老婆生的儿子司马曜立为太子，同时，为了不让桓温伤害自己的子孙后代，司马昱决定效仿蜀汉皇帝刘备，以皇帝之尊，向权臣桓温立下遗诏，希望桓温能够依周公先例居朝摄政，同时又模仿刘备写道：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。
司马昱这样写，其实也是为自己的儿子留条后路，毕竟自己公开的说出这样的话来，即便是桓温最终篡了权，也应该不会冒天下之大不韪，杀掉自己的儿子司马曜吧。
然后，司马昱这份遗诏还没有到桓温手里，就先被自己的老朋友，已经升任侍中的王坦之给撕毁了，王坦之便撕诏书便对司马昱说道：“陛下可知此诏书等同于让国？”
看着王坦之居然撕毁了自己的诏书，这让司马昱气不打一处来，当然，他也很清楚这是王坦之的忠勇之举，但是司马昱何得英名之人，他也不想这样做，他之所以做完全是为了保住自己一家老小性命的无奈之举。
为了不让王坦之坏了自己的大事，司马昱便哭丧着脸对王坦之说道：“晋室天下，只是因运气好而意外从曹魏手里获得，就算朕现在想把它让予别人，你又对这个决定有什么不满呢！”
见司马昱这样说，王坦之更生气了，于是便对司马昱说道：“晋室的天下，是宣帝司马懿和元帝司马睿建立的，怎么能由陛下独断专行呢？”
听完王坦之的话，司马昱感动不已，他本以为满朝文武皆已投靠桓温，却不想里面还是有忠臣的。
王坦之的话让司马昱对晋室的延续重新树立了信心，因此便授意王坦之，让王坦之重立遗诏，于是王坦之与同样反对桓温的谢安、王彪之三人商量之后，决定在遗诏里仅命桓温辅政，而不再提任何有关摄政以及取代的话，这也就让桓温失去了光明正大夺取皇位的机会。
而这也正是桓温看到诏书里没有要求自己摄政，内心五味杂陈的原因。
司马昱要遗诏发出去不久之后便驾崩于皇宫东堂，享年五十三岁，葬于高平陵，经群臣商议，定庙号为太宗，谥号简文皇帝，司马昱从登基到驾崩，仅仅在位八个月，成为晋朝在位时间最短的皇帝。
司马昱驾崩后，年仅十一岁的皇太子司马曜登基称帝，成为东晋王朝第九位皇帝，登基后司马曜，依据司马昱的遗诏诏令大司马桓温辅政，定年号为宁康，改明年为宁康元年。
自公元342年，也就是晋成帝咸康八年，桓温穿越到东晋江州豫章郡以来，到现在，也就是公元372年，晋简文帝咸安二年，正好三十年的时候，东晋王朝居然就换了六位皇帝，如果再加上新登基的司马曜的话那就是七位皇帝了，如此高频率的更换皇帝，其实也就预示着司马氏的气数已尽。
尽管桓温对司马昱遗诏当中只是命自己辅政而没有命自己摄政有点失落，但是此时的他还顾不上这么多，当前他的首要任务就是把前秦军队从梁益二州驱逐出去，并发动大军攻灭前秦，完成统一大业。
为此，为了维护京城的稳定，桓温主动上书朝廷，称自己领兵在外，不方便辅政，因此推荐崇德太后褚蒜子出面辅政，在桓温看来，褚蒜子两次临朝辅政，在朝廷当中有着巨大的威望，更关键的是，褚蒜子是朝廷当中几方势力都能接受的人物，所以由褚蒜子来出面辅政，对维护京城的稳定至关重要。
鉴于桓温的推荐，朝廷当中几方势力经过商议之后，也觉得由褚蒜子出面辅政要正好一些，因此，群臣在王彪之、王坦之、谢安、郗超、江彪等几位重臣的率领下，手持皇帝诏书和桓温的推荐书，前往崇德宫请求褚蒜子出面辅政。
早已远离政治，归心于佛堂的褚蒜子本想拒绝，但是一想到此时的桓温还要在外征战，收复失地，统一天下，此时的他急需一个稳定的后方的时候，最终还是决定出面辅政，这也是褚蒜子第三次辅政了。