桓温行动还是非常迅速的，在下定决心要杀武陵王以立威于朝廷的策略之后，第二天便直接上书穆帝，直接弹劾武陵王司马曦以皇族亲王之尊，亲近轻浮小人，招揽亡命之徒，纵容儿子司马纵祸乱朝纲，私自招兵买马，私藏甲胄兵器，图谋不轨，请求免除司马曦及其儿子司马纵的官职，以正朝纲。
桓温的弹劾在朝堂之上掀起了轩然大波，司马曦是晋元帝之子，地位十分的尊贵，而且为人大度，颇有声望，而且又位极人臣，官居太宰要职，位列三公，桓温竟然弹劾这样一位受朝野普遍尊重的亲王重臣，怎能不让人震惊。
穆帝更是怒不可遏，他认为这是桓温在公然的挑衅皇权，在穆帝看来，桓温如此大张旗鼓的弹劾武陵王，实际就是在报他罢免郗超官职之仇，郗超是桓温在朝廷势力的代表，而司马曦又是反桓温势力的核心人物，桓温妄图想以这样的方式来证明自己的实力，但是郗超又怎能跟司马曦相提并论的，郗超充其量就是一个士族门阀，而司马曦则是正宗的皇亲国戚，德高望重，二人根本就不是一个重量级的人物。
所以穆帝十分的愤怒，散骑常侍庾柔看出了穆帝的愤怒，于是便趁机向穆帝进言道：“桓温胆大妄为、目无伦理纲常，竟然敢公然弹劾皇室宗亲，实乃大不敬，桓温祸乱朝纲已久，朝野尽知，现在他身在京城，身边兵力甚少，何不趁此机会拿下他，永绝后患呢？”
穆帝虽然愤怒，但是他不傻，他当然知道桓温此时正在京城里，身边也只有两千兵力，但是桓温在京城外面的可调兵力高达数十万，而且还在姑孰城内有驻军，姑孰城离健康近在咫尺，一个昼夜即可抵达，这贸然扣押了桓温，极有可能会引起连锁反应，若不好可能会再次酿成兵变，所以慎重之余，穆帝并没有采纳庾柔的建议。
但是穆帝毕竟年轻气盛，血气方刚的他实在咽不下这口气，因此决定对桓温还以颜色，既然不能扣押桓温，那么继续来个训斥，于是便在桓温上书当天便下旨训斥桓温目无论理纲常，藐视皇权，实乃大不敬，并对桓温罚棒一年，以儆效尤。
这个处罚已经很轻了，对于桓温来，罚不罚棒都一个样，但是桓温现在要的是杀人立威，他要的是通过弹劾武陵王来震慑朝廷，以便彻底掌控朝政，现在见穆帝不胆训斥自己，而且还敢处罚自己，这让桓温不由的勃然大怒，天子一怒血流成河，桓温不是天子，但是却拥有天子一样的权力和地位，见穆帝如此不识抬举，桓温一不作二不休，决定直接来个武力威胁。
此次桓温虽然只带了两千兵，但是这些士兵都是百战之士，战斗力十分强悍，此时京城卫戍部队还在司马纵手里，大约有一万人的驻军，主要驻扎在城东南的紫金山大营里，桓温命令随行的参将孙无终秘密带领一千人马突袭紫金山大营，以谋反的罪名抓拿司马纵，同时控制京城卫戍部队。
同时桓温又命令另一个参将刘轨秘密进宫招降宿卫禁军首领毛安之，毛安之是毛穆之弟弟，父亲是前豫州刺史毛宝，毛宝曾随温峤一共平定苏峻之乱，战功显赫，受封辅国将军，不过后来在北伐后赵之时不小心溺水而亡。
毛安之因为哥哥毛穆之长年跟随桓温南征北战的原因，早已秘密投靠桓温，所以见刘轨奉桓温之命前来接管宿卫禁军，毫不犹豫的就将部队交给了刘轨指挥，刘轨接管宿卫禁军之后，连夜封锁皇宫各大门，没有桓温的命令，谁也不准进出。
桓温在控制了京城之后，又秘密调驻守姑孰城的部队进京，驻守在健康城西北角的天阙山上，在京城外围担任警戒任务。
至此，桓温算是彻底控制了京城，朝廷里惟一可以调用的兵力可能就是王坦之手中的扬州兵了，可惜王坦之并不是领兵之人，好不容易有个沈劲还弃之不用，所以只能干瞪眼。
至到第二天上早朝的时候，穆帝才发现皇宫大门已被封，再仔细一看，身边的贴身护卫也都已换了人，穆帝这才意识到大事不妙，从未经历过这等时情的他顿时吓的大哭起来，毕竟他还只是一个十几岁的孩子，啥时候见过这等世面。
然而，还没等穆帝哭完，皇宫大门突然打开了，走进来的正是桓温本人，桓温亲手扶起早已吓的呆若木鸡的穆帝，不由分手把他架上了龙撵，然后亲自护送他上了太极殿，穆帝根本就不敢有任何的反抗，只得乖乖就范。
等穆帝到了太极殿之后，大臣们早已等候多时，大臣们看到穆帝到来之后，也都纷纷叹了口气，他们也早已知晓了桓温控制京城与皇宫之时，大家都在为穆帝捏一把汗，现在见穆帝安全归来，所以纷纷庆幸不已。
桓温扶穆帝登上龙椅之上，便拜倒在地上说道：“启奏陛下，武陵王司马曦及其子司马纵着作郎殷涓、太宰长史庾倩、散骑常侍庾柔等人蓄意谋反之事已经查明，请陛下速作决断。”
穆帝被吓的战战兢兢，根本就说不出话来，目光不断看向司马昱，司马昱此时也被震惊的目瞪口呆，他没有想到桓温居然如此胆大包大，敢诛杀自己的亲哥哥武陵王司马曦，而一旁的司马曦、庾倩、殷涓等人也早已吓的站都站不稳了，司马曦等人明白，就当前这个局势来看，他们几个人肯定是跑不掉了，按照之前王敦之乱、苏峻之乱时的经验，大概率是要被杀掉的，司马曦叫哭不跌，早知道就不挑这个头了，自己当着自己的王爷多好啊，干嘛去惹这个麻烦啊。
然后此时的司马曦再后悔也没有什么用了，桓温是铁了心要杀掉他了，因为不杀掉他不足以震慑群臣，不杀他不足以威慑小皇帝，所以司马曦必须被杀掉。
站在一旁的司马昱实在不忍心自己的哥哥就这样被杀掉，于是便上前一步说道：“谋反这件事在历朝历代都是重罪，武陵王乃皇亲国戚，元皇帝之子，自幼就聪慧贤达、循规蹈矩，断不可能做出这样的事情，望大司马能够再查查，看看是不是哪里搞错了。”
司马昱站出来求情早在桓温的预料之中，他当然知道仅凭他一人说辞是肯定无法给武陵王定罪的，因此他早就做好了准备，他向班列当中自己的四弟桓秘使了眼色，此时的桓秘在朝中担任秘书郎，所以位列朝臣班列，桓秘见桓温向自己使了眼色，于是便心领神会，他仵了仵自己身边的新蔡王司马晃，司马晃一个激灵，他看了一眼桓秘之后，不由的叹了口气，眼神中充满了悲戚，他整了整衣冠之后，便走出班列，跪倒在地上向穆帝痛哭流涕的说道：“皇上，臣等受武陵王司马曦一伙的蛊惑，一时鬼迷心窍，曾参与过他们的谋反计划，现在迷途知返，望皇上赎罪。”
司马晃此言一出，朝堂顿时炸开了锅，新蔡王司马晃作为正宗的皇亲国戚，居然在这个时候站出来公开自首，同时诬告武陵王司马曦谋反，这是自古以来皆没有过的事情。
面对司马晃的自首与指控，穆帝、司马昱、司马曦被震惊的久久说不出话来，太极殿内陷入了死一般的静默状态….