慕容垂的死讯很快就传回了长子县，后燕宗室大臣都十分的震惊，同时也恐慌一片，因为此时的后燕全境都在被晋军围攻，慕容垂作为后燕政权绝对的主心骨，在这个时候死掉，那么后燕政权也就面临着土崩瓦解之势。
然而，就在后燕群臣皆以为晋军必然会在这个时候发起大规模进攻的时候，晋军却出其不意的停止了进攻，不但停止进攻，还主动后撤二十里脱离了与后燕军的接触，晋军的反常举动一时之间让后燕群臣丈二和尚摸不着头脑。
就在后燕君臣摸不透晋军葫芦里卖的什么药的时候，桓温派来的使者到了，原来，桓温虽然与慕容垂是对手，而且还曾被慕容垂打败过，但是桓温还是非常仰慕慕容垂的能力与为人的，因此在听闻慕容垂病逝之后，让慕容垂有个体面的葬礼，桓温才主动要求军队停止进攻并后撤的。
不但如此，为了表达对慕容垂的敬意，桓温甚至主动派遣使者前来吊唁慕容垂，桓温对于慕容垂可以说是相当的敬重了。
在明白了晋军的举动之后后燕君臣也大舒了一口气，原本一直不愿意即位的慕容宝也终于决定即位称帝，成为后燕第二任皇帝，慕容宝即位后，给慕容垂上谥号为大燕武成帝，在境内大赦罪犯，并改年号为永康，同时任命太尉库辱官伟当太师、左光禄大夫，段崇为太保，其余人也都各授不同官职。
就在后燕群臣为拥有了新的皇帝而感到欣慰，准备围绕在新皇帝的指挥下继续抵抗晋军的围攻的时候，新登基的慕容宝做出了一个让所有人都目瞪口呆的举动：他亲自逼死了自己的继母，同时也是他的亲小姨，慕容垂的继室段元妃。
段元妃没有想到慕容宝竟然如此的绝情，一怒之下便痛骂慕容宝逼杀继母，肯定也不能保守社稷，但是慕容宝不为所动，甚至给了段元妃下了最后通蝶，如果段元妃不自杀就诛杀段氏全族，没有办法，为了保全段氏全族，段元妃在无限悔恨中上吊自杀。
段元妃上吊自杀这后，慕容宝对外宣称段元妃是自愿追随先帝慕容垂而去，为了表彰段元妃，慕容宝甚至假惺惺的追谥段元妃为成哀皇后。
慕容宝以为作的天衣无缝，不成想他信赖的赵王慕容麟一直觊觎自己的皇位，为了打击慕容宝的威望，就故意把慕容宝逼死段元妃的事情给透露了出去，一时间，天下哗然。
要知道，段元妃虽然不是慕容宝的亲生母亲，但是因为慕容垂在大段氏死后便纳小段氏为妻，因此从法律意义上来讲依然是他的嫡母，而且还是从小抚养他长大的嫡母，同时还是他的亲小姨，慕容宝如此大逆不道逼杀自己的嫡母，这在以孝治天下的汉族政权里面肯定是不能接受的，而鲜卑族虽然没有汉族那样严格的礼仪约束，但是对慕容宝的举动也是同样的难以接受。
慕容宝逼杀嫡母的事情传开之后，整个后燕宗室舆论哗然，大家都对慕容宝的举动愤恨不已，而赵王慕容麟趁机发难，在自己镇守的西河郡举起了反叛大旗，而辽西王慕容农、高阳王慕容隆、范阳王慕容德虽然没有公开响应慕容麟的号召，但是对慕容麟的反叛也没有进行谴责也已经表明了他的态度。
慕容宝被慕容麟背后捅了一刀，而手握重兵的辽西王慕容农、高阳王慕容隆、范阳王慕容德默不作声，这让慕容宝相当的被动，但他依然没有反思自己的过错，反而是认为被慕容麟给算计了，既然那些自己的叔叔兄弟们指望不上了，那就只能指望自己的儿子们了。
由于慕容垂在生前希望慕容宝的次子慕容会为太子，但是慕容宝不喜欢慕容会，而喜欢三子慕容策，因此便立了慕容策为太子， 同时封自己的长子慕容盛为长乐王、次子慕容会为清河王，
他任命长子慕容盛为骠骑将军、次子慕容会为龙骧将军，率军三万前往西河平叛，然而，年幼的二位皇子又怎能是老奸巨猾的慕容麟的对手，二人先快就被慕容麟打败，二人狼狈逃回长子县，部众也被慕容麟吞。
慕容麟的事情还没有结束，桓温这边就又对后燕政权发起了进攻，征北大将军桓冲重新攻打定襄，范阳王慕容德率军抵抗，但是很快就败下阵来，晋军气势如虹，慕容德抵挡不住，只得逃往乐平，乐平守将司马慕舆嵩紧闭城门，拒绝让他进城。慕容德无法，只得率领数千人逃往武乡，走到潞川的时候，被桓冲的北府军追上，双方再次发生大战，最终除慕容德一人逃脱外，其余的人马全军覆没。
在桓冲在定襄郡打开局面的同时，桓豁也在武乡攻打后燕军队，后燕军队先后占据博陵、榆社，所向披靡，后燕守将士气低迷，望风而逃，各郡县都向晋军投降。
眼看形势越来越糟糕，为了重振士气，慕容宝决定像父亲慕容垂一样，御驾亲征，妄图挽回局面。
于是，慕容宝亲率全部军队出征作战，计有步兵五万人，骑兵三万七千人，驻扎在曲阳、柏肆两地。
南路晋军在桓温的率领下到达了新梁。慕容宝害怕晋军锐利的士气，于是派征北将军慕容隆利用夜晚去偷袭晋军，溃败而归。
晋军用两车并行的办法排阵而来，两军相持，慕容宝的将士都很惧怕，全军失去锐气。慕容隆劝慕容宝返回长子，于是慕容宝就带领军队退去，晋军趁机追击他们，慕容宝、慕容隆等人舍弃大部队，只率领二万人奔逃。当时正逢风猛雪大，冻死的人在道路上相互碾压。慕容宝害怕被晋军追上，命令将士扔掉战袍和武器，连一点兵器也未带回来。
晋军继续进攻，后燕军队大败而逃，在逃至芳林园时。当天夜晚，尚书慕舆皓谋图杀害慕容宝，然后让赵王慕容麟当皇帝。
慕舆皓妻子的哥哥苏泥将这件事告诉了慕容宝。慕容宝便派慕容隆去逮捕慕舆皓，慕舆皓和与他同谋的几十个人砍开城门逃向晋军。慕容宝十分害怕，只得继续逃跑。
最终，在逃到黄榆谷时，后燕军队被晋军追上，慕容垂的舅父兰汗认为慕容部大势已去，于是便趁乱杀了慕容宝，带领慕容宝的首级向晋军投降，至此，后燕军队三万余人、宗室两千余人全部向晋军投降，桓温将后燕宗室大臣全部迁往健康，军士则全部打散分配到晋军各部。
慕容宝被杀之后，在长子县的慕容宝长子慕容盛趁乱杀了太子慕容策，自立为皇帝，是为后燕第三位皇帝，但是很快就被尾随而至的晋军桓冲部所灭，慕容盛也兵败被杀。
慕容盛死后，远在西河的赵王慕容麟也自立为皇帝，是为后燕第四位皇帝，但是此时的后燕政权已经支离破碎，面对晋军大军压境，慕容麟是如论如何也抵挡不住的，于是便率部撤离了西河，挑往河东郡滑县投奔在那里的丁零部首领翟斌。
此时的翟斌还是后燕政权名义上的建义大将军、河东王，见慕容麟来投，翟斌很高兴，于是便主动出城迎接他，却不想慕容麟狼子野心，趁着翟斌不注意竟然杀了翟斌，然后出其不意的出兵攻打滑县，丁零部猝不及防，只得率军撤出滑县，退至浚县。
退至浚县的丁零部将士对慕容麟的背信弃义之举恨之入骨，于是他们在新任首领，翟斌的侄子翟辽的带领下，宣部脱离后燕政权，翟辽自称天王，建国号为魏，人称魏天王，同时改年号为建光，以浚县为都城，设置了文武百官，正式建立的丁零族历史上第一个，也是惟一一个政权，史称翟魏政权。
翟辽建立翟魏政权后，为了给叔叔翟斌报仇，翟辽便派遣部下丁零人故堤到慕容麟处诈降，慕容麟不知是计，欣然接受了故堤，故堤混入滑县后，用计杀掉了慕容麟册封的乐浪王慕容温和他的长史司马驱，同时策动滑县城内二百户丁零族民众起兵造反，翟辽则在城外派遣部队猛攻城池。
翟辽攻入城内后，大肆屠杀后燕军民，连皇帝慕容麟也死于乱军之中，后燕宗室阳平王慕容柔、渤海王慕容朗、博陵王慕容鉴等也先后被杀，至此，后燕政权彻底灭亡。