在何谦、高衡等人攻略吐谷浑的同时，桓冲也带人正式攻打后凉。
他们沿着河西走廊依次推进，一路所向披靡，先后攻占了后凉的陇西、武始、大夏、枹罕、金城、湟河、晋兴、广武、西平等郡，兵锋直至后凉都城姑臧。
吕光很明白大势已去，于是便率领文武百官出城向桓冲投降，至此，凉州、河州一带全部归于大晋。
在两路大军以摧枯拉朽般的速度分别征伐后凉与吐谷浑的同时，基本上统一了天下的桓温也正式开始了篡权之路。
环视天下，后世的政治中心北京仅仅是幽州渔阳郡下面的一个小小的县城蓟县，而且蓟县的城建规模太小，无法安置大规模的人口，当时的气候还是偏寒冷，所以并不适合于作为都城所用。
而现在的东晋都城健康，偏居东南一隅，无法辐射中原和西北地区，也不适合作为大一统王朝的都城所用。
环顾四周，似乎唯有长安和洛阳符合桓温心中作为雄霸天下的都城的条件，但是此时长安城经过西燕慕容冲的血洗，到处都是残垣断壁、荒芜一片，而且关中刚刚收复，城内胡人众多，时不时会爆发一些叛乱，似乎也不合适作为都城使用。
相对而言洛阳城就保存的较为完整，但是洛阳城曾经是魏晋时期的首都，魏晋两个朝代在历史上都不长久，尤其是晋朝恶评更是如潮，不但引发了八王之乱，更是让五胡冲入中原肆掠了大半个中国一个世纪之久，所以再让洛阳作为新朝代的都城在寓意上似乎也不太好。
思来想去，桓温最终还是决定将长安作为都城比较好，虽然城建被破坏的较为严重，但是都可以修复嘛？
因此，桓温在入住长安之后便命人开始修复宫殿、加固城防，以便为将来作为都城所用。
由于瞧不上健康，再加上大权在握，所以桓温也就觉得没有必要再回健康城去了，他命人去江陵城把自己的两个老婆南康公主司马兴男与青城公主李娇接到了长安城里来，本想三人团聚，结果没想到司马兴男一看到桓温新纳的清河公主慕容凤时，瞬间就明白了一切，想来司马兴男为了桓温付出了这么多，桓温不知道珍惜，纳了一个青城公主不说，现在在年近六旬的年纪又纳了一个清河公主？简直是不把自己放在心上。
不把自己放在心上也就算了，明眼人都看得出来，现如今凭借巨大的军功而权势滔天的桓温在统一的全国之后，下一步的动作是必然要篡权的，司马兴男虽然现如今已经是桓家的人了，但是司马家毕竟是她的娘家，想着自己家的天下马要就要被桓温给夺了去，心中就会略过一丝悔恨。
但是司马兴男又为桓温由衷的高兴，毕竟是他凭一己之力，在狼烟四起四起的年代践行的他当初的诺言，驱逐胡虏、匡扶社稷、恢复华夏。
现如今，他做到了，他成功的扫除了天下诸胡，重振了汉人权威，成为了睥睨天下的旷世大英雄，由他来建设一个新的王朝，似乎也说得过去。
但是，公主到底是受不了桓温的背叛，再加上公主长期的生活在温暖的南方，不太习惯北方寒冷的气候，再加上年事已高，因此抵达长安之后不久，就在矛盾与自责当中病倒了，而且还病的很严重。
这让桓温十分的惶恐，他日夜守护在公主的身边，看着这个为自己付出了一切的女人，她本是一个金枝玉叶，本可以嫁个王公勋贵渡过一个富足的人生，但却一无反顾的选择了自己这个一无所有的穷小子，并每每在最关键的时刻用自己最柔弱的身躯保护自己。
桓温明白，若是没有公主，就没有她的一切，现在，就在自己快要功成名就之时，公主竟然病倒了，这怎能不让他着急，他怕公主看不到自己登基的那一天，他要把全天下最尊贵的皇后称号赠与她，让她母仪天下，成为全天下最尊贵、最幸福的女人。
为了让公主看到自己登基，桓温决定加快篡权的步伐，他令留守健康城的三弟桓秘带领当时朝廷最主要的官员、同时也是顶级门阀代表的三公九卿以及六部尚书，以到长安拜谒汉高祖刘邦的陵寝为名，强制将他们带到了长安城。
在当时东晋朝廷朝廷里，仅仅桓温就担任了丞相、太尉、大将军、大司马等重要的官职，可以说是军政大权独揽。
剩下的重要职务当中，中书省的最高长官中书监由郗超担任，尚书省的尚书令由王坦之担任，门下省的最高长官黄门监由江彪担任，其中郗超和江彪是桓温的亲信，王坦之与桓温则结为儿女亲家，也可以算作是桓温的人。
剩下的重要官职当中，位列三公的御史中丞由出身太原王氏的王彪之担任，侍中、司徒府长史由陈郡谢氏的谢安担任，司空、左光禄大夫由顾和担任。
九卿当中负责宗庙礼仪的太常卿由出身琅琊王氏的诸葛颐担任，负责皇族、宗室事务的宗正卿由宗室司马珍担任，负责国家马政的太仆卿由出身颖川荀氏的荀籍担任，负责司法审判的廷尉卿出身琅邪王氏的王允之担任，负责执掌宫殿警卫、帐幕器物、朝会膳食的光禄卿由桓温的亲信毛安之担任，负责外交和民族事务的典客卿由出身汝南袁氏的袁质担任，掌管租税钱谷和财政收支的度支尚书由出身汝南周氏的周闵担任，掌管山海湖泽及手工业的少府卿由陈郡谢氏的谢朗担任。
这些朝廷当中最主要的官职都是由当时天下最顶级的门阀出身的人才能担任的，经过桓温近十年的打压，这些顶级门阀大部分都已经投靠了桓温势力，目前在公开层面上没有投靠桓温也只有太原王氏、琅邪王氏和陈郡谢氏了。
其中陈郡谢氏的谢安是个十分圆滑的人，他一方面羡慕桓温取得的成就，另一方面又想保住自己的政治清白，因此虽然表面上继续支持维护司马氏的统治，但是面对桓温的拉陇他也欣然接受，属于典型的两面派。
而琅邪王氏的代表人物王坦之在桓温公开废黜晋废帝司马奕的过程中被吓破了胆，不但主动为自己的儿子王恺求娶桓温的大女儿桓伯子，而桓温也欣然接受王坦之的主动示好，不但把大女儿桓伯子嫁给了王恺，还任命王恺为吴郡太守，有意要培养他。
所以，琅邪王氏虽然表面上依然拥护司马氏，但是已经跟桓温势力眉来眼去，随着桓温统一战争步伐的加快和司马氏政权的进一步被架空，明眼人都能看得出桓温在统一之后必然篡权，因此琅邪王氏为了保住自己的政治地位和家族财富，必然会向投靠桓温势力更进一步。
目前真正真心维护司马氏皇位的也只剩下太原王氏了，这倒不是因为太原王氏与司马氏的关系有多么的密切，关键是王彪之这个人太过于刚正不阿，当年王彪之担任任廷尉时，正好遇上晋穆帝登基而大赦天下，可是当时担任永嘉太守的谢毅却不顾皇帝的大郝令，坚决处死了跟他有仇的当地人周矫，于是被周矫堂兄向扬州州府告发。
而当时的当时的扬州刺史是殷浩，殷浩因为谢毅出身陈郡谢氏，是名门望族，因此在收捕谢毅之后不敢处理他，于是便心生一计将他送交廷尉。
王彪之就没有殷浩的那些心眼，他认为杨毅既然犯了特郝令，就是犯罪，因此坚决将其打入大牢，当时的丞相还是会稽王司马昱，他担心王彪之因此得罪了陈郡谢氏，故而亲去求情，但是王彪之不但不为之所动，甚至还大骂了司马昱一通，司马昱无法，只得悻悻而去。
由此可见，王彪之是个多么固执的人。
但是不管怎样，桓温篡权代晋已经是大势所趋，毕竟比起为汉族带来巨大灾难的司马氏来说，成功驱除了胡虏、恢复了汉人荣光的桓温不管是声望还是功绩都要远超前人，比起只会耍小心计密谋窃国的司马氏来说要强了不知多少倍。
因此不管是民间还是士族阶层，心向桓氏已是人心所向，已经不是一个两个顶级门阀就能阻挡的事情了。